Od roku 1939 se rozpoutala strašná světová válka. Nedostatek všeho a hlad ve městech je citelný. Dp. BRŮŽEK ještě jako kaplan pořídil do kostela uzavřenou zpovědnici, která sice velmi dobře vyhovuje, ale vnějškem do barokního kostela se nehodí.
Válka pokračuje, je nedostatek kovů a proto se rekvírují i posvěcené zvony. V Mladé Vožici byly odebrány 2, pořízené v r. 1927 od firmy Ries z Kuklen. Jeden z nápisem „Sv. Maria, oroduj za nás“ s reliefem P. Marie, těžký 212 kg, tón cis2 a druhý s reliefem sv. Václava a nápisem ‚Nedej zahynouti nám i budoucím‘, těžký 314 kg, tón hl. Na zvonici zůstal jen umíráček. Hrany se zvoní na Hradě. kde se zvony zachránily. I v Janově je sejmut zvon. pořízený v r. 1927, těžký 78 kg, tón g2. Tyto 3 zvony stály 18.000 korun. Rovněž v Blanici byly odvezeny 2 staré zvony a téměř ve všech vesnicích. Zvony byly odvezeny bez náhrady 2.4.1942.
V r. 1941 zde konali sv. misie Dominikáni z Plzně. V pondělí 3.8.1942 o 5. hod. odpolední se snesla nad vožickem směrem na Chotoviny a Tábor veliká bouře s krupobitím a smrští. Všude velké škody. Památná lípa u Ústějovské kaple, stará snad 500 let i krásná lípa před schodištěm kaple na Hradě byly přelomeny. Počátkem zimy 1942 spadlo klenutí v konírně. Pro nedostatek železných travers je udělán strop dřevěný. Práci zaplatil pan děkan. Pro nedostatek petroleje je do chlévů zavedena elektřina, stála 1.300 korun. Varhany v děkanském kostele již delší dobu nevyhovovaly, staré asi 150 let – červotočem úplně rozleptané. V r. 1939 péčí dp. Josef BRŮŽKA byl ze sbírky pořízen nový měch od firmy Skopek z Tábora a postavený tak, aby se hodil i k novým varhanám. Jeho nástupce kaplan Fr. VESELÝ se rozhodl opatřit postupně varhany nové. Při jednání s Památkovým úřadem bylo dohodnuto, že budou zachovány staré barokní skříně a kovové píšťaly. Rozhodl tak sáru přednosta Památkového úřadu Dr. VÁGNER a prelát ThDr. Hugo DOSKOČIL, rektor semináře v Hradci Králové. Měl být pořízen nový hrací stůl v takovém vybavení, aby jednou sloužil větším varhanám. Rozpočet zněl na 45.000 korun, ale peněz nebyto, tak nezbývalo, než vyhlásit veřejnou sbírku, kterou Okresní úřad v Táboře povolil. Kaplan spolu s kostelníkem p. HLAVNIČKOU osobně podnikli sbírku po celé farnosti, která nebyla zvyklá přispívat na kostel. Vožicí procházeli odpoledne a večer, přifařené obce odpoledne v neděli. Kupodivu, nikde nebyli odmítnuti. Přispěl kdekdo : zdejší spořitelny, spolek rodáků a přátel Ml. Vožice v Praze, Skupina katolické mládeže, zdejší ochotníci i některé třídy měšťanské školy. Když již byla potřebná částka téměř sebrána, navrhl varhanář zapojit II. manuál, což by stálo 65.000 korun. I k tomu jsme se odhodlali. Z obavy, že by I. manuál byl slabý pro náš velký kostel, rozhodli jsme se postavil I manuál s 11 rejstříky za 100.000 korun. Znovu jsme se obrátili na farnost prostřednictvím starostů a i tento obnos jsme sehnali. Ovšem byly tu obtíže rázu technického. Byl 4tý rok války, nedostatek materiálu, pracovních sil (dělníci na práci v Německu). Stavba pokračovala pomalu a byla s velkým zájmem veřejnosti sledována. Našli se i tací, kteří celé věci nedůvěřovali. Byla pořízena nová podlaha, skříně prodlouženy až ke zdi a impregnovány. Nové varhany posvětil 11.7.1943 místní děkan Josef MIŠKA, když před tím v kázání poděkoval kaplan všem, kteří přispěli. Mimo program poděkoval dp. děkan veřejně kaplanovi, že se této práce ujal, v jejiž uskutečnění v době války sám nedoufal. Slavnou mší za živé a mrtvé dobrodince celebroval kaplan za asistence dp. katechety v.v. Karla SMETANY a dp. Josefa BRŮŽKA, administrátora v Nové Vsi. Slavnost zakončena chorálem ‚Svatý Václave‘. Sběrací listiny, účty atd. jsou uloženy v archivu.
12.8.1943 byl pohřben na hřbitově v Janově tamní rodák dp. Josef JENŠÍK, farář v Zeměchách u Kralup n. Vlt. Nikdy nezapomínal na svůj rodný kraj a v závěti odkázal na vnitřní výzdobu kostela v Janově 20.000 korun, Ml. Vožici 5.000 korun. Rovněž Janovu odkázal 3 obrazy.
Historie kostela v Janově je zastřena minulostí. Oltářní kámen pochází z r. 1693 (nápis na něm). V těch místech byl asi rozbořen již rozpadlý románský kostel. Z porodního kostela, který byl kdysi farním, zachovala se jen část kamenné křtitelnice, staré asi 400 let. U ní byl jistě pokřtěn i mistr MATĚJ z JANOVA, který studoval teologii v Paříži s Václavem RAŇKŮ z Ježova. Janov, podle podoby vesnice, se zdá býti nejstarší osadou na vožicku, ačkoliv nynější jméno je z doby pozdější. Na dávné osídlení v době předhistorické ukazuje také staré hradiště západně od vsi, zvané Kozí hrad, jakož i pohanské hroby, objevené r.1866, nedaleko vsi K.R. NEUDÖRFLEM. Filiální kostel Všech svatých byl ve 14. stol. farním a faráře k němu dosazoval (1360, 1369) sám KAREL IV, později pak držitelé Vožice. Roku 1397 založil Aleš z Ryzemburka s chotí Eliškou v kostele nový oltář ke cti Panny Marie a Svatého kříže a nadal jej zlatem ze vsi Staniměřic. Za to byl kaplan povinen sloužiti 4 mše – z nich jednu na hradě Šelmberce. Fara v neznámé době zanikla a kostel byl r. 1726 znova vystavěn. Ves se připomíná r. 1318 jako příslušenství statku vožického. Tehdy Jaroslav z Koutu pobral ve vsi koně a rozličné svršky. Část vsi (1 1 /2 lánu) příslušela- k Šelmberku, ale i ta byla připojena k Ml. Vožici. Roku 1654 tu bylo 6 osedlých, 1 chalupník a 2 zahradníci, kteří prý ‚obstáti mohou, půdy žitné dobré‘.
Janov jest rodištěm slavného Husova předchůdce, mistra MATĚJE z Janova (zemřel 30.12.1394). Byl synem Václava z Janova, královského poddaného, nikoliv zemana. Janov nebyl nikdy vladyckým sídlem. Teprve asi r. 1389 domohl se beneficia, fary ve Velké Vsi (mezi Prahou a Mělníkem). Hloubáním v bibli, na níž kladl největší váhu – byla mu ‚přítelkyní, nevěstou a matkou‘, poznal rozdíl mezi křesťanstvím evangelia a zesvětštělou církví soudobou a opravné náhledy své uložil v latinské spise „Regulae veteris et novi testament“ (Pravidla starého a nového zákona) a svou teologickou učeností, získanou 6letým studiem teologie v Paříži (odtud zván mistrem pařížským) dával reformačním snahám českým pevný podklad a oporu.
Léto 1943 bylo celkem příznivé, byla 2 období veder až +52°C. Úroda velmi pěkná, bez pohrom. Tento rok došlo k opravě hlavního oltáře kostela v Janově. Po odborné prohlídce byla zadána restaurace hlavního oltáře. Byla přidělena subvence 12.000 korun. V lednu 1944 byl oltář i 2 postranní obrazy odvezeny do Pelhřimova ke konzervaci. Na jaře pořízena 2 okna v presbytáři, do sákristie, nové dveře na náves. Materiál dal patron, práce a sklo placeno ze sbírek – 2.300 korun. Protože bylo počítáno se zavedením elektřiny, bylo zasekáno i elektrické vedení a kostel vytónován. Náklad zaplatil František MRÁZEK – elektromechanik v Bostově (Kouty). Malování kostela provedl malíř p. Antonín PICHA za 7.820 korun. Nátěry lavice v presbytáři, mřížky a opravu křížové cesty provedl Em. HAVLÍČEK z Ml. Vožice za 1.340 korun.
Restaurovaný oltář byl znovu postaven a 29.10.1944 slavnostně předán farníkům. Administrátor František VESELÝ vysvětlil historii kostela, vzpomněl všech mrtvých příznivců a poděkoval všem, kdo na opravu přispěli. Při mši sv. učinkoval smíšený pěvecký sbor z Mladé Vožice. Slavnost byla velmi pěkná a při ní vybráno 3.200 korun.
Obraz Panny Marie s Ježíškem v Blanici byl dán do opravy Chrámovému družstvu v Pelhřimově – oprava stála 1.500,- korun.
Válka ve své zuřivosti stále trvá. Matriky se musí psát německo-česky. Od 1.8.1944 byl dán do výslužby dosavadní děkan Josef MIŠKA pro své vysoké stáří a fyzickou neschopnost zastávání úřadu (stár 88 let). Byl zde děkanem 42 roků. Administrátorem byl jmenován zdejší kaplan František VESELÝ. Pro bytovou nouzi bydlí dp. děkan J. MIŠKA na děkanství v přízemí. Uprázdněné děkanství bylo obsazeno 1.1.1945. Ze 3 žadatelů presentoval zdejší patron p. Jiří hrabě KÜENBURG – nejmladšího žadatele – zdejšího kaplana Františka VESELÉHO. Byl uveden do úřadu 7.1.1945 za účasti dp. vikáře, sousedního kněžstva, patrona a velkého množství věřících i z okolních farností, protože takovýto obřad jak zde, tak i okolí nebyl již dlouho konán. Nový děkan se narodil 25.1.1915 v Nové Cerekvi, okres Pelhřimov. Reálné gymnázium studoval v Pelhřimově a teologii v Čes. Budějovicích. Na kněze byl vysvěcen 1.5.1940. Od 1.6.1940 byl kaplanem ve Strážově na Šumavě, ale již v říjnu byl poslán na výpomoc onemocnělému arciknězi Msgre V. TŮMOVI do Nové Vsi. Po jeho smrti v lednu 1941 interkal. administrátorem tamtéž. Od 1.8.1941 byl jmenován kaplanem v Ml. Vožici. Od 1.8.1944 byl jmenován administrátorem v Ml. Vožici a 1.1.1945 děkanem (nejmladší děkan v protektorátě). Po tříletou dobu kaplanování v Ml. Vožici vyučoval náboženství ve všech třídách obecné a měšťanské školy a vedl téměř celou duchovní správu. Náboženství začala vyučovat laická katecheta sl. Marie SVATKOVÁ z Ml. Vožice, která měla maturitu a potřebné náboženské zkoušky. Vyučuje velmi dobře a je praktickou katoličkou.
Ani v kapli na Hradě nefungovaly varhany. Varhanář Skopek z Tábora je opravil a dal k ním nový měch na šlapání. Obnos za opravu byl uhrazen sbírkou o pouti na Hradě. Patron přispěl částkou 1.000 korun. Protože je majitelem této kaple, jako rodinné hrobky, dal v r. 1943 opravit fasádu celé kaple.
Bylo třeba provést značné úpravy na děkanství. Je však 7mý rok války, nedostatek pracovních sil i materiálu, zákaz staveb a větších oprav. Patron přislíbil materiál i řemeslníky, ale výplatu bude muset provést p. děkan. Po dohodě, že materiálu nebude tolik třeba, přislíbil částku 10.000 korun. Přestože je dostatek peněz a téměř nic ke koupi, ani živobytí, nechtěli lidé pracovat ani za vysoké ceny. Když pracují, není možno jim poručit a práce neodpovídá mzdám. Pracovní morálka je velmi ubohá. Práce pro nedostatek prac. sil, nechuť k práci a obtížné shánění materiálu trvaly od jara do zimy.
Válka zuří dál, strašnou zbraní jsou letadla a jimi svrhované bomby na továrny a města. Snad již brzy bude konec. I ve Vožici jsou lidé, kteří zapomínají, že jsou Češi a udávají, několik osob z naší farnosti úpí v koncentračních táborech. Již jsou 3 mrtví : E.K. ROSOL, min. rada v.v. zastřelen v Táboře, p. řídící BRYCH v Táboře umučen a sl. JUNGMANNOVÁ v plynu v Osvětimi r. 1943. Nikdo si není jist svobodou ani životem.