V únoru 1948 podala část ministru tehdejší vlády demisi, došlo ke komunistickému převratu a vlády se chopili komunisté.
Od 1.1.1949 přestává fungovat Zemský národní výbor a stejně i Okresní národní výbory. Jsou nyní krajské národní výbory (my patříme ke Praze) a okresní národní výbory (k Voticům). Protože dosavadní hlavní oltář a socha sv. Martina, umístěná vedle něho stylově v našem barokním kostele nevynikaly, rozhodl se dp. děkan VESELÝ o vyřešení této otázky. Dozvěděl se, že Chrámové družstvo v Pelhřimově má k dispozici velký barokní oltář sv. Jana Nepomuckého z třeboňského kostela. Po ověření na místě oltář koupil. Je velmi pěkný a slohově odpovídá stavbě kostela a velikostí, jakoby by byl pro kostel zvlášť zhotoven.
Hospodářské budovy užívá ve farním dvoře od r. 1952 JZD. Podle nájemní smlouvy užívá je bezplatně. Celá léta se však nic neopravuje a budovy chátrají.
V roce 1951 je p. děkan VESELÝ povolán na vojnu a duchovní správy se v květnu 1952 ujímá dosavadní správce Šebířova ThDr. Ignác BŘEZINA. Dne 29.6. byla slavnost svěcení zvonu a umístění na věži. Zvon je těžký 669 kg a má jméno sv. Jan.
V červenci 1954 byl přeložen Dr. Ig. BŘEZINA do Novosedel n. Nežárkou. Novým administrátorem byl jmenován František LÁLA. Duchovní správu započal poutní slavností na Hradě, za účasti okolních duchovních. Letní vydatné deště pronikly na několika místech děravou střechou hradního kostela a na několika místech promáčely klenbu. Podobně natekla voda i do stropu hřbitovního kostela sv. Mikuláše a do střechy hřbitovní márnice. Byly provedeny neodkladné opravy. V letním období tohoto roku byly v děkanském kostele konány jednou týdně koncerty duchovní hudby a zpěvu. Učinkovali: prof. M. MRÁZKOVÁ-Plačková, JUDr Antonín DRÁB, prof. KŘÍŽEK (housle) a prof. Vl. SVATOŠ (varhany). Na pořadu byla díla světových skladatelů. Koncerty se těšily zvláštní pozornosti posluchačů a byly přínosem kulturního života města.
V r. 1955 prudká jarní vichřice znovu otevřela střechu hřbitovního kostela. Současně byla poškozena střecha v Janově a v Blanici.
V r. 1956 došlo k opravě střechy kostelíka na hřbitově. 22.7. zdější dp. katecheta Karel SMETANA slavil 50 let kněžského vysvěcení. Krátce na to 4.8, ve věku 74 let zemřel. V říjnu převzala státní správa do svého vedení všechny církevní hřbitovy. Hřbitov v Mladé Vožici, Janově a Blanici spravují tamější národní výbory.
V r. 1957 bylo započato s generální opravou báně věže děk. kostela. Pořízen nový hrotní křiž. Při rozebrání starého hrotního kříže byly v makovici zápisy a různé pamětihodnosti z r. 1890, kdy se konala poslední oprava věže : obsáhlý zápis o místních poměrech a veřejném životě tehdejší doby, zápis o panství patrona, pamětní zápis o vožické škole, o místních spolcích, zpráva o epidemické chřipce toho roku. K těmto všem spisům byly přidány historické doklady současné naší doby, popis provedené opravy a opět se vše uložilo do nové makovice nového hrotního kříže, k zachování na další paměť.
Při jarní vichřici roku 1958 spadla krytina střechy na hřbitově. Opravu provedl p. KUPKA z Ml. Vožice. 9.10.1958 ve 3.52 hod. zemřel svatý otec – PIUS XII. Papežem byl zvolen v roce 1939 v den svých 63tých narozenin a pontifikát trval 19 roků, 7 měsíců a 7 dní. 28.10.1958 byl zvolen nový papež – JAN XXIII. Korunovace byla 4.1 1.1958.
V roce 1959 prudká vichřice rozbila několik tabulí v kostele. Již se také v naší farnosti uplatňuje smutný jev- rozbíjení křížů, stojících při silnicích.
V roce 1960 byla provedena generální oprava kaple sv. Jana Nepomuckého. I v tomto roce je zaznamenáno vandalské chování mládeže. Obětí se stala kaple P. Marie na Hradě. Mladíci vytloukli okna, vyšplhali se na střechu, odkud schazovali po stráni krytinu. Zničili i bleskosvodné vedení v r. 1957 obnovené. Vedení vytrhali ze zdi a přelámali, Současně bylo zdemolováno schodiště kaple. Dne 26.6.1960 byl pohřeb zdejšního dlouholetého varhaníka p. Jana TICHÉHO. Byl zdejším obchodníkem a varhaníkem byl od r. 1933, tedy celých 27 let. Předtím byl 8 roků v Šebířově. Pohřbu se zúčastnilo mimořádně mnoho občanů z celé farnosti i z farností okolních.
I v r. 1961 se vloupala mládež do kaple na Hradě a násilím se dobývali do patronátní hrobky. Dřevěný svícen, jinak věc uměleckou poškodili a po jeho odstranění se pokoušeli zdvihnout kamenný poklop hrobky. Práci si ulehčovali tím, že okraj elipsovitého poklopu kladivem zuráželi a tuto cennou desku znehodnotili. Do hrobky se asi nedostali, neboť zbylý kámen byl jen zčásti odsunutý. Událost byla oznámena policii, nic se však nevyšetřilo.