Rok 1624:
Je výnosem královským ustaveno celé území mladovožické za ryze katolické se všemi právy a povinnostmi k tomu patřícími a zákazem náboženské činnosti pro jiná vyznání, t učení viklefické, husiiské, luterské, kalvinistické. Tato učení jsou prohlášena za učení rázu fanatického. V r. 1626 se farní kronika zmiňuje o 30ti leté válce, kterou autor nazývá válkou ‚luteránskou‘. Až do r. 1648 – do uzavření vestfálského míru – píše kronikář o častém střídání vládců nebo přesněji řečeno správců mladovožicka, kteří podle toho, jakého jsou vyznání. také dosazují tomu odpovídající duchovní správce, takže zdejší i přilehlé farnosti jsou víceméně zmítány v nejistotě, co se týče pravosti vyznání. Jednou převládají evangelíci. jednou katolíci, zkrátka je to období plné rozporů a někdy i zmatků. V r 1646, na místě tehdy poničené pevnosti – hradu nad městem – dochází k vybudování kaple. Hrad byl zdevastován v období jak husitských válek, tak i války 30ti leté. Za velkého přičinění Kryštofa PŘEHOŘOVSKÉHO dochází k této akcí a kaple je zasvěcena Panně Marii, Matce Boží, nanebevzaté.
1648 – zmínka o kapli sv. Mikuláše na hřbitově – a také od tohoto roku se začínají připojovat po právní stránce k farnosti další obce v okolí Mladé Vožice, rovněž i filiální (menší kostely, Janov, Oldřichov. Toto zcelování kolatury vožické je skončeno v r. 1650, kdy k Vožici patří 7 větších míst a 92 menších – kronika dokonce vypisuje jména připojovaných osad a má je v pořadí podle velikostí očíslovány. Rovněž duchovní správce vede veškerou administrativní práci a kronikář se zmiňuje, že v této době je zapisováno např. do knihy (matriky) v průměru 130 pokřtěných za rok. R. 1651 je jmenován řádným duchovním správcem Vít Ludvík HORÁK. který v tomto – cituji -‚období pokoje a míru pečuje v duchu pastýřském o duchovní rozvoj a blaho jemu svěřených duši . Svůj úřad vykonává 3 roky, kdy na jeho místo – t. 1654 přichází Mikuláš MOSTECKÝ. Ten především svým dobrým, kněžským přístupem ke všem lidem a samozřejmé i svojí pastorační činností dokázal za 2 roky svého působení ve farnosti přivést jednak k pravému pokoji, ale také i k pravé víře mnohé z těch, kteří dosud inklinovali k víře husitské, viklefické a luteránské. Bylo to především dokázáno jeho obdivuhodnou tolerancí ke všem bez rozdílu. Ve farnosti to bylo víceméně období jednoty mezi všemi lidmi bez rozdílu vyznání.
1656 – v Mladé Vožici je 40 židovských rodin, pro které, jak píše kronika, jako pro vyhnance ze své domoviny je dáno právo k tomu, aby se scházeli ke společným bohuslužebným obřadům.
1661 je jmenován správcem farnosti Kašpar KLIMEŠ, který farnost spravuje do roku 1667. Po něm přichází Jan KOŘÁNEK, kněz, který se zasloužil o rozkvět farnosti, protože především svou obětavostí a zbožností upevnil mnohé ve víře a především ke smíření a sjednocení ve farnosti. R. 1670 přichází nakrátko jmenovaný administrátor Václav MERKLÍNSKÝ. protože je počítáno s dalším nově jmenovaným duchovním správcem Je jím v r. 1671 konsistoří jmenovaný Matouš SEKERA – jak kronika říká – „vir venerabilis“ muž vážený. vznešený. Pro jeho dobré schopnosti především pastorační, dostává do správy v r. 1674 další farnosti a to Šebířov a Kamberk, které spravuje až do své smrti v r. 1675. Aby farnost nebyla opuštěna, je jmenován nový duchovní Jiří ČENĚK, kněz, který navazuje na dílo svého předchůdce a snaží se je upevňovat. Svoji pastorační práci vykonává 4 roky do r. 1679 do příchodu nově jmenovaného kněze Jiřího MARŠÍČKA. Po 3 roky vykonává svůj svěřený úkol péče o farnost, kdy na jeho místo nastupuje v r. 1682 opět kněz velmi dobrých vlastností a schopností, jak kronika říká „vir venerabilis“ Matouš WIRTH, svou péči zahrnuje farnost po 1 rok. V r. 1683 přichází nové jmenovaný duchovní P. Šebestián PRÁŠEK, kněz, který se zaměřuje na generální duchovní obnovu celé farnosti. Chce vést věřící lid k hlubšímu pojetí víry o duchovního života, především intenzívnější účastí na mši svaté a přijímání svátostí Přes četné nepochopení a také překážky, které jsou mu vystavovány, se mu podaří přivést lid k hlubší jednotě pramenící z tohoto duchovního života.
V r. 1684 dostává kostel sv. Martina svého patrona, který je ustanoven konsistoří k péči a ochraně kostela. Kostel jako kolátora (fundace) dostává postupné další majetek v podobě polí a lesů, z jejichž výtěžků je fundace udržována co do potřebných výdajů na činnost. Jsou to většinou dary od věřících, kteří svůj majetek odkazují na tento účel. Ve farní kronice jsou i jména těch, kteří odkazují např. značnou část svého majetku na tento účel, jehož záměrem je rozšíření dosavadního kostela co do velikosti stavby a také i potřebnosti, protože kostel stávající není dostačující svou velikostí potřebám farnosti pro pastorační účely.
V r. 1683 dostává farnost také pomocného kněze Jana Václava LHOTSKÉHO, protože kněží se starají o 5.702 věřících. Kněz Lhotský je dobrým pomocníkem pana děkana Práška a pomáhá věrně svému nadřízenému v pastorační práci, která má za úkol přivést všechny bez rozdílu k jedné pravé vire – vire v Ježíše Krista.
K základní farnosti mladovožické jsou přičleňovány v letech 1685-b další obce. jako např. Vrcholtovice, Zhoř, Smilovy Hory, Hoštice, Neustupov k tomu, aby v nich byla prováděna především pastorační práce. Na práci v pastoraci a především na záměr p. děkana Práška navazuje jeho nástupce, který je jmenován do úřadu r. 1702 a je jím P. Daniel SLAVÍK. Stará se o farnost spolu s P. Lhotským a z výnosů fundace obohacují kostelní depozitář o potřebná roucha ke slavnostním bohoslužbám a jiné potřebné věci.
