V roce 1900 bylo přikročeno k výmalbě vnitřka kostela. Bylo to potřeba, protože vnitřek kostela by! sešlý. Uznali to i věřící a tak na výzvu během 3 měsíců sebráno bylo 1.300 zl. neboli 2.000 korun. Vyjednáno bylo s akademickým malířem panem Václavem SKRUŠNÝM, že tuto malbu provede, aby odpovídala baroknímu slohu a to za 1.800 korun. Začátkem července se započalo s prací a koncem září byta práce dokončena. lešení opatřil duchovní, patronát na celou úpravu přispěl 42 korun a půjčením dveří a prken na lešení. Pod varhanami bylo dříve jen prkno, to bylo odejmuto a nahrazeno barokní plastikou, kterou provedl sochař Jan SKRUŠNÝ, který také zhotovil hlavy na sloupcích – hlavy andělíčků za 76 korun. Tesařské práce stály 200 korun. Nebylo prý místečka, které by nebylo prohlédnuto. Vše vyspraveno a vyčištěno, včetně kaple sv. Barbory, která byla celá nahozena maltou a vyspravena. Při té příležitosti byla otevřena i hrobka, do které bylo nahlédnuto. Byly v ní jen zbytky z dřívějších dob. Slavnost dokončení díla se dělala na sv. Václava. za účasti kněží z okolních farností a pana vikáře Juliuse SLIVKY, který měl slavnostní řeč. V tomto roce, který byl také rokem milostivým, dostal i janovský kostel novou dubovou mříž.
Poněvadž varhany zdejší byly již ve špatném stavu, byly opraveny nákladem patronátu od firmy SKOPEK z Tábora za 200 korun. Obrazy křížové cesty rovněž ve špatném stavu byly již těžko znatelné, opraveny byly přemalováním za 140 korun. Přemalbu vykonal akademický malíř Václav OUŘEDNÍK z Prahy.
31. října 1901 dokonal svůj pozemský život, po dlouhé a těžké nemoci pan děkan Josef DECARA a pohřben byl 3. listopadu 1901 na hřbitově sv. Mikuláše. Zemřelého doprovodilo k hrobu 28 kněží a velmi mnoho lidí i ze sousedních osad. Svým vzorným kněžským životem a svou dobrotou zajistil si nesmrtelnou památku. 8. listopadu by( ustanoven kaplanem v Mladé Vožicí novosvěcenec Viktor MICHKA, rodák ze Stádlec. l0. listopadu bylo pořízeno autipendium se slovy : ‚Svatý Martine, oroduj za nás‘ pro děkanský kostel a pro kapli na Hradě autipendium se slovy : ‚Maria, oroduj za nás‘. Zásluhou ředitele měšťanské školy Jana BERANA, byla pořízena prkenná podlaha. aby děti necítily zimu od kamenné podlahy. Prkenná podlaha měla být v kostele pouze v zimní době (od 1. října do 1. května). Na léto se pak podlaha uschovává do děkanství, kde pro ni vedle vrat byla zřízena zvláštní kolna.
Dne 6. února 1902 byl na uprázdněné místo děkana dosazen patronem Čeňkem, hrabětem z Küenburgu nejstarší žadatel, dosavadní farář ze Šebířova P. Josef MYŠKA. l4. dubna se přestěhoval do Mladé Vožice a započal duchovní správu. Dosavadní administrátor P. Václav TŮMA se stal administrátorem v Šebířově. Nový pan děkan se narodil 1 1. května 1856 ve Stadnici, okres Hlinsko, hejtmanství Chrudim v Čechách. Gymnasiální studia konal 1868-1876 v Německém Brodě, teologická studia pak v Českých Budějovicích v r. 1876-1880 a 18. července 1880 byl vysvěcen na kněze. 1. září 1880 byl ustanoven kaplanem v Miličíně, tam setrval až do června 1885 a pak se stal farářem ve Vrcholtovicích. Odtud v r. 1894 odchází jako farář do Šebířova a pak do Mladé Vožice. Když přichází na nové místo, je uvítán náležitým způsobem panem patronem, panem patronátním komisařem, městskou radou, spolky a četným zástupem osadníků. Šebiřovská obec se nerada loučila se svým duchovním správcem a pro jeho zásluhy jej jmenovala čestným občanem šebířovským. Když přišel do Ml. Vožice, našel zde děkanskou budovu i ostatní stavení ve velice zbědovaném stavu, protože více než 15 roků se zde nestala žádná značnější oprava. Péčí pana patronátního komisaře a nákladem pana patrona bylo vše řádně a důkladně opraveno během měsíce května. Opraven byl v podstatě celý vnitřek budovy, od chodby až po půdu.
Instalace (uvedení nového děkana se konala 4. června 1902 za přítomnosti pana patrona a zástupců městské rady. 15. května 1902 byl přeložen pan kaplan Miktor MICHKA do Miličína a na jeho místo přichází pan kaplan z Miličína František TEPLÝ. Pan Alexandr SEIK, bývalý purkmistr v Táboře, daroval v červenci 1902 nový obraz sv. Mikuláše pro kostel sv. Mikuláše na hřbitově. Tento obraz on sám maloval a byl umístěn obraz na zdi za oltářem. Na kostelní věži visel více než 20 roků puklý zvon. který se nedal používat ke zvonění a který právě do souzvuku zvonů chyběl. Na popud pana kaplana Fr. TEPLÉHO dal pan děkan MYŠKA ulít nový zvon u Rudolfa PERNERA v les. Budějovicích o váze 215 kg. Zvon stál 736 korun. Došlo k vyrovnání tak, že puklý zvon si pan zvonař nechal a zbytek byl doplacen částkou 532 korun. Byla učiněna sbírka, která vynesla 103 korun, ostatní doplatil pan děkan, Práce s vytažením a zavěšením na věž hradil patronátní úřad.
16. ledna 1903 byl ustanoven P. František TEPLÝ kaplan za administrátora do Hoštic a tam se odstěhoval 24. ledna. Od 24. ledna až do 1. dubna zastával děkan duchovní správu sám. 1. dubna byl ustanoven do Vožice za kaplana P. Martin PAULE. vysvěcený na kněze v r. 1902.
Dne 19.7.1903 přihnali se k Mladé Vožici už v samý večer od západní strany děsné krupobití, jakého zde lidé už více jak 60 let nepamatovali. Kroupy až 1 /2 kg vážící zničily vše, co venku na polích bylo. bito bylo již zralé a hospodáři se chystali po neděli síci. Avšak stačilo 10 min., že na poli nezůstal jediný klas. Zrno bylo vytlučeno, sláma zpřerážena a do země zatlučena. Nejinak tomu bylo i u ostatního obilí. Na mnoha polích nebylo znát, co bylo zaseto. Nemenší škoda byla způsobena i na ovocných stromech. Ovoce bylo posráženo, větve polámány a stromy poškozeny tak, že to vyhlíželo jako na podzim. Také taková škoda způsobena v lesích. Okna na stranu západní a jižní byla vytlučena. S jakou prudkostí padaly kroupy si lze představit, poznamenáme-li. že ve vnějších oknech nezůstal ani kousek skla, vše bylo vytlučeno a vmeteno do světnic až k protější zdí. Rovněž tak byly těžce poškozeny střechy, tašky rozbity a smeteny. Následkem toho nastala všeobecná bída. A nejhorší na tom bylo. že tato katastrofa zasáhla celou českou zemi od bavorských hranic až na hranice moravské. V mladovožickém okresu pouze 3 osady zůstaly alespoň částečně ušetřeny a to Kamberk, Vyšetice a Vrcholtovice. Následkem toho museli hospodáři třetinu i více dobytka prodati. Mnohé rodiny z okresu, aby ušly hrozící bídě, prodaly své usedlosti a odstěhovaly se do Ameriky, hlavně z Ježova.
Ke zmírnění bídy byly po celé zemi konány sbírky. Zvláště američtí Čechové se vyznamenali, sebrali a do čech poslali více jak 50.000 korun. Vida bídu svých osadníků. místní děkan Josef Myška prosil v novinách ‚Čechů‘ o milodary. Na tuto prosbu se mu dostalo 320 korun. jež mezi nejpotřebnější rozdělil, aby si alespoň sůl a věci nejpotřebnější koupili. Toho roku darovala p. Aloisie KOVÁŘOVÁ, roz. Suchanová, bytem ve Vídni pro oltář P. Marie Lurdské krásné bílé antigendium krásně vyšívané.
Dne 1.12.1904 bylo darováno z děkanského archivu diecesnímu museu v Českých Budějovicích : „missale secundum ritum sanctae koolesia Pragensis“, tištěné v Lipsku r. 1522 a to z toho důvodu, že pro zdejší beneficium je bez ceny.
Po strašném krupobití loňského roku 1903, bylo nejen pro zdejší krajinu, ale pro celé království české nezapomenutelně velké sucho, trvající po celé léto 1904. Od jara až do podzimu nezapršelo, mimo nějaký nepatrný deštík. Potoky a říčky vyprahlé, lidem i zvířatům se nedostávalo vody. Velké škody v lesích, otavy žádné, brambor málo – prodávaly se 1 q za b-8 korun. V tomto roce došlo i k opravě zvonice, která byla již velmi sešlá. Jak zdivo, tak hlavně střecha dřevěná šindelová, krov i zvonové stolice dělaly svým zevnějškem městu jen ostudu. Na popud patronátního komisaře p. Jos. JOACHIMSTHALA usneseno jí řádně a také ozdobně spravit. Město Mladá Vožice hradilo náklad opravy spodní polovičky věže až do úrovně stropu 1. patra, ostatní část hrazena cestou zákonité koncurence. Oprava stála 3.032,45 korun.
Urozená komtesa Marie z KÜENBURGU darovala 24.5.1905 pro chrám sv. Martina v Ml. Vožici za příčinou biskupské generální vizitace, nový pláštíček na ciborium z hedvábné látky s vyšíváním v ceně nejméně 18 korun. Generální biskupská vizitace se konala 28.-29.5.1905.
Dne 24.3.1907 darovala p. Kateřina FICKOVÁ, majitelka domu v Ml. Vožici chrámu Páně sv. Martina 2 stříbrné svícny s přáním, aby byly na hlavním oltáři nad tabernakulem vystaveny.
Dne 13.10.1907 zemřel v Ml. Vožici Antonín SMETANA, panský, městský a obvodní lékař. Byl to lékař výborný ve své praxi, nemocnými vyhledávaný, lidumilný, mnohé léčil zdarma . Ba i na léky chudým ze svého dával. Pohřeb jeho byl imposantní, velké množství lidu domácího i cizího doprovodilo jej k hrobu a všichni jeho smrti litovali. Byl důvěrným přítelem místního děkana.
Po roce 1910, který byl abnormálně mokrý, následoval rok 1911, který opětně byl abnormálně suchý. Od 18.5. do 24.8. 1911 nepršelo, jen několik deštíků, malých jako rosa. Žita t.r. byla ještě obstojná, jaré obilí však následkem sucha zůstalo řídké a krátké a sklidilo se ho méně, než polovina při normálním roce. Sena bylo celkem dost, zato otavy žádné. Následkem toho, že bylo málo zeleného krmení na podzim, nastala veliká nouze o píci a dobytek musel být vyprodán a klesl dosti v ceně. Hospodáři museli kupovat seno i slámu až z Horních Rakous i odjinud. Zde se prodávalo 1q sena za 12 korun, 1q brambor za 8-10 korun. Také kukuřice bylo mnoho nakoupeno.