1790 opět za přispění a aktivity pana děkana a všech ostatních, především věřících, dochází k obnově kostela. Ten je rozšířen a v některých částech také obnoven. Akce si vyžádala značných výdajů, ale vše bylo vykonáno, jak kronika říká ‚k větší cti a slávě Boží, tak jako i ve SZ začal budovat král David stánek Boží pro lid a především pro duchovní povznesení mladovožické farnosti‘. Výdaje, které byly vynaloženy na obnovu a rozšíření kostela se odrazily i na majetku farnosti, která byla zchudlá, ale v krátké době se opět za přispění všech věřících mohly pořídit nové bohoslužebné knihy (misály), které měly sloužit především pro větší slavnosti, konané ve farnosti.
V roce 1791 za přispění patronky kostela Terezy komtesy z Küenburka je rozšířen další potřebný mobiliář kostela a to především – jak kronika říká – ornát, 2 dalmatily, pluviál pro bohoslužebné účely. Není zapomenuto ani na filiální kostel v Janově, kde se vyměňuje v témže roce stará a již nevyhovující dlažba za dlažbu novou.
O roce 1789 se zmiňuje farní kronika jako o neblahém vlivu na víru lidstva tzv. ateistickou rebelií galskou, která měla na svědomí mnoho lidských životů. Především to byli kněží, kteří umírali pro obvinění z fanatismu a také i mnoho věřících. Nejčastější smrt byla buď ohněm nebo mečem. Popravy byly konány hromadně. Po skončení tohoto fanatického hnutí a povstání přichází opět období klidu, především pro farnosti a věřící.
V roce 1792 za četného přispění věřících v podobě darů, rovněž i děkanství byla v kostele zbudována nová kazatelna pro hlásání a výklad Božího slova při významných církevních příležitostech – slavnostních bohoslužbách. Stejné tak o rok později, t. 1793 dochází k doplnění a rozšíření inventáře o nová potřebná bohoslužebná roucha, která jsou rovněž určena pro používání při slavnostních bohoslužbách.
V roce 1794 dokončena přestavba kostela. Dílo učiněno k větší cti a slávě Boží ve prospěch lidu věřícího a za dobré kvality. Téhož roku zvolen v pořadí 34tý patron ve farnosti, pan Jakub ZEDNÍK. Pečuje o farnost a její majetek krátký čas (asi 1/2 roku) a po něm 35tý patron Bartoloměj KUČERA z Bendova Záhoří. Na vnitřku kostela je pořád pracováno v různých formách vylepšování – např. vylepšení presbytáře, rozšíření kůru, obohacení o další potřebné věci (lavice apod.), sochy. Na tomto dle se velkou měrou podílel pan Matyáš HORKÝ. Je povolán k provedení této práce z Prahy od řádu Pavlánů. Je mu zde poskytnuto vše potřebné, počínaje ubytováním, materiálem potřebným k vykonání práce a všemi ostatními potřebnými věcmi. K větší cti a slávě Boží a ku prospěchu celé farnosti – všech věřících je slavnostně dokončeno a předáno dílo 21. září. Byl to slavnostní den pro celou farnost. Obřadu se zúčastnil i hlavní patron pan hrabě František KÜENBURG.
V roce 1796 jmenován pomocným patronem (správcem) v pořadí 36tým pan Václav VOLF, v té době senátor, jemuž je do správy svěřen opět veškerý majetek, který vlastní zdejší děkanství. Ten je rozdělen po částech dalším dvěma pomocným správcům p. Františku VOBOŘILOVI a Františku STRNADOVI, kteří mají povinnost z výtěžku získaného z majetku pronajatého odvádět určitý podíl ve prospěch děkanství.
V roce 1797 jsou v kostele pořízeny také malé postranní pokladničky pro dobročinné příspěvky a dary od věřících, které mají sloužit svým výtěžkem pro potřeby kostela, především v záležitostech doplňování a obnovování potřebného inventáře. Bylo zapotřebí také obnovit střechu kostela v Janové, která byla rovněž vykonána a na nákladech na obnovu se podílel patron, děkanský úřad a věřící, kteří přispěli svými dary.
V roce 1798 je jmenován do farnosti kaplan Václav PERNET, který je pověřen duchovní správou podle přesně stanovené smlouvy, která jej pověřuje určenými úkony v duchovní činnosti. Smlouva je učiněna na popud zdejšího pana děkana a potvrzena oběma stranami.
Rok 1800 – když kostel opatřen byl uvnitř vším podle představ zdejšího duchovního k větší cti a slávě Boží, a také podle přání věřících k větší kráse celého kostela a dokončeno obnovou a doplněním hlavního oltáře o některé prvky, uzavřel zdejší duchovní pan děkan Morávek smlouvu o pořízení lepších varhan pro kostel a to s miličínskou farností. To bylo také učiněno r. 1800 a stávající varhany byly zaměněny, protože zdejší už nevyhovovaly potřebám chrámu. Za nové pořízené varhany musel být také zaplacen potřebný finanční vyrovnávací obnos 1.500, na kterém se podílela jak farnost, tak i patron. Varhany byly převezeny a Instalovány, rovněž i rozšířeny, aby vyhovovaly pro kapacitu zdejšího kostela, o jeden celý manuál a o další rejstříky.
Krátce poté se konaly v kostele sv. Martina dvě významné události. Jednak oslavy výročí svateb – čestného občana města MLÁDKA a jeho choti Terezie a patrona kostela Leopolda KÜENBURGA s kněžnou Zdislavou, rozenou Valdštejnovou. Posléze pak kněžská svěcení. 2. února to byl novosvěcenec P. Jan VOBOŘIL, který byl také ustanoven kaplanem v Mladé Vožici a posléze 22. listopadu novosvěcenec P. Antonín KRÁL, který byl ustanoven kaplanem v Miličíně. Slavnost proběhla za velké účasti věřících, především patrona a jeho manželky, od kterých také novosvěcenci přijali četné dary, bohoslužebná roucha a také i četné dary v podobě peněz a jiných potřebných věcí.
V roce 1802 byly stávající varhany zcela předělány generální opravou a byly jako nové. Proto kronika zaznamenává tuto akci jako pořízení nových varhan.
V roce 1803 pro větší slavnosti a akce ve farnosti pořizují se nová bohoslužebná roucha, především dokonalejšího a svátečnějšího rázu, aby se mohla používat k větší cti a slávě Boží. Je to vlastně taková poslední akce zdejšího pana děkana Morávka, který se o to zasloužil, protože se dostavuje se stářím i nemoc a pan děkan odchází na zasloužený odpočinek – je přitom jmenován čestným občanem mladovožickým na podnět zdejšího patrona a také kanovníkem u sv. Víta v Praze a to v r. 1805 – 22. srpna. Zároveň je jmenován novým správcem a děkanem farnosti P. Jan Václav BOUKAL. Uveden do tohoto úřadu je při slavnostních bohoslužbách za hojné účasti věřících patronem farnosti hrabětem Leopoldem Küenburgem. Pan děkan nové jmenovaný, má velké zásluhy, především při zvelebování interiéru kostela a rozšiřování bohoslužebných rouch a dalších potřebných věcí. Např. v r. 1809 jsou obnoveny obrazy na postranních oltářích, v r. 1810 pořízena nová monstrance, 12. srpna téhož roku pořízeny obrazy nové křížové cesty, nový kalich. 11. srpna 1812 umírá hlavní patron chrámu a farnosti hrabě Leopold KÜENBURG. Jeho tělo při velkolepém pohřbu je uloženo do kaple sv. Mikuláše.
V roce 1827 je pořízen nový obraz P. Marie do kaple na hradě, v r. 1832 podle kroniky. umírá pan děkan BOUKAL, v tomto roce je také ve Vožici zřízena pošta. V roce 1833 a 1836 opět učiněny určité vnitřní úpravy vnitřku kostela (přemísťování různých věcí na jiná místa v kostele). Na tom mají zásluhu Jak noví patroni, tak i kněží.